日本各地に『ヴィラン』と呼ばれる異能力を使う変異体が出現し、国民の平和を脅かしていた。それに対抗するかのように現れたのが、『魔法少女』と呼ばれる、十歳から十九歳までの特殊能力に目覚めた可憐な少女たち。少女たちは、テレキネシスや瞬間移動、身体強化、テレパシーや透視、予知など、いわゆる超能力と呼ばれる類のものを操ることができる。そして、世間はそれを『魔法』と呼んだ。政府はヴィラン殲滅のために、『魔法管理局』を立ち上げ、『魔法少女』たちを集め管理下に置くようになる。 　この一年ほどは、蝶のように舞い、ヴィランを一掃する魔法少女アゲハが大活躍していた。 　主人公・伊崎は、そんな魔法少女とバディを組み、手厚くサポートする魔法管理局の監察官になった。そして伊崎の前に現れたのは、鋭い目で睨みつけるヤンキー少女で――！？