月光館学園に転校することになった湊は、1日と1日の間に隠された“影時間”とそこに現れるシャドウという存在を知る。シャドウに襲われる直前、湊は『ペルソナ使い』の能力に目覚め……。 隠された時の中で繰り広げられる学園ファンタジー、開幕――！