キャラクター型AI「スプライト」を開発したジェイコブ。 トラピス星系の惑星ロキの衛星サルバトリアで行方不明になった恋人ソフィアを追い、ジェイコブは親友マックスとともに捜索任務に参加するが、そこで出会ったのは超古代文明人「プレロキアン」を名乗る謎の男エリアス・カインと、彼の横で笑うソフィアの姿だった。 ハーベスターと呼ばれる怪物、生態系そのものが謎に満ちた惑星、そして人類の未来を左右する「人類進化計画」。 誰を信じ、何を守るのか。 スプライトたちと共に、ジェイコブはセイレーンの巣の真ん中へ飛び込んでいく。