二〇二四年、東京は消滅した。 一九五四年以来、人類を脅かし続けてきた怪獣。それでも、何とか地球の支配者の地位を守り抜いていた人類の前に現れたのは、謎の白い巨人、アルガ。圧倒的なまでのその強さに、人類はなすすべもなかった。東京は、たった一体の怪獣の前に消滅させられたのである。 ─それから三年後、物語は、かつての親友を失った一人の青年から始まる。