帝国は戦争を終わらせる切り札として、ホムンクルスの少女・アリアを造り出した。 　彼女を監察し、教育する役目を担うのは監察官セス。 　命令に忠実で、知識を正確に覚えるアリアは、理想的な兵器のはずだった。 　しかしアリアは、教えられた言葉や行動の「意味」を考え始める。 　訓練や人々との触れ合いを通して明らかになるのは、彼女が単なる兵器ではないという事実だった。 　命令と判断、正しさと選択の狭間で、セスは次第に問いを突きつけられていく。