現代、バイオテクノロジーの極致として、ある秘密組織が「完成されたホムンクルス（人造人間）」を創り出すことに成功した。コードネーム「アイン」は、あらゆる知識を瞬時に学習し、超人的な身体能力を持つ、人類が憧れた「完成された天才」の具現者だった。しかし、彼に与えられた役割は、組織の野望のために完璧な数式を弾き出し、影で世界を操るための「計算機」としての人生だった。