転校生の水瀬ヨウタは、誰にも気づかれない「透明人間」のような日々を送っていた。そんな彼の手に渡ったのは、古代の無顎魚を模した不思議なAIぬいぐるみ「エコー・プテラスピス・エッグ」。決して孵化しないはずの灰色の卵だった。