東京都内の下町にある「神凪神社」。高校1年生の**神凪 葵（かんなぎ あおい）は、家業の手伝い中に蔵の奥で隠し扉を見つける。 ​そこには、代々「御神体」として祀られていた、複雑な歯車と宝石が組み合わさった「機巧の鏡」があった。葵が鏡に手を触れた瞬間、神社全体が青い光に包まれ、彼女の意識は遠のいていく。