現代の日本。『魔力』を使って超常現象を起こす『魔導士』の存在が公に知られる世界で、少数派である魔導士は、時に差別の対象となる事もあった。 魔導士による犯罪が増加する中、それに対処するための組織『日本魔導協会』に所属する高校生魔導士・神楽誠奈人(かぐら まなと)は、学業の傍ら事件対応に追われる日々を送っている。 ある任務の最中、誠奈人は記憶を失った謎の少女・実莉央奈(みのり りおな)と出会う。彼女との邂逅は、やがて世界を揺るがす程の陰謀へと繋がっていく―。