これはとある男の復讐劇から始まった物語。組織「All Time of Shadow」は敵対する組織、「テオファニー騎士団」と対立している、ある日「ATOS」の調査隊リーダーのバニラ・シャドウ率いるメンバーがテオファニー騎士団の組織員に遭遇した… 彼らの遭遇から、この「残影沿革」は始まる……