不良学生、鬼塚千里は泣く子も黙る生粋のワル。 そんな少年が目覚めると、そこは見知らぬ研究所。 自信の姿を鏡に映すと、そこにはなんと「幼女」が立っていた。 その上ただの幼女ではない。彼は改造手術によって、地球を脅かす侵略者と戦う超兵器〝ナノドール〟と化していたのである。 元の姿に戻る方法はただ１つ。 ナノドールたちの通う学校、兵器学園に入学すること。 ――かくして、不良少年(幼女)の数奇な兵器生活が幕を開ける。