輪暦１千万２０２６年。 　ケイ＝ノービスは、聖女になるために現役トップ聖女のソラ・ヘブンズリンクに師事を受けていた。 　この度、晴れて師の推薦により聖女養成学校アカデミーの入学試験を受けられることになり、希望を胸に聖都アーセナリアに上京する。 　その道中、聖都解放戦線というテロリストに遭遇する。 　キ車ジャック事件に巻き込まれ、遅刻しかけながら試験会場に到着するケイ。 　そこでアカデミーの一学年主席、ルカ・アリスベータと聖女戦を行うことになる。 　他方、男ながら聖女を目指す異常性を危険視され、天輪教会の公安組織・禁忌聖典がケイを狙って動き始める。 　彼に興味を持った聖都解放戦線の首魁・サークルクラッシャーも暗躍し、聖都全体を巻き込んだ一大事へと発展していく。 　しかし少年は、死に別れた家族の憧れた聖女を、師匠のような聖女を目指すことを、諦めない。 　今ここに、痛快娯楽少年聖女伝説が幕を開ける。