宇宙に漂う巨大なコロニーＬとコロニーＹは、数百年の間戦争状態にある。 主人公の宍戸貴文（ししどたかふみ）は二人一組で動かす超高性能ロボット『ケミストリー』のパイロットに選ばれ旗艦カノープスに乗り込むが、貴文のパートナーであるケイは一筋縄では行かない相手だった。 貴文はケイと、ケイのもう一人のパートナー候補であるリコネア、そしてカノープスの仲間たちとの絆を深めながら、コロニーやケミストリーの大きな秘密に迫っていくことになる。 ※キャラ表は、名前・年齢・性別の他に１話脚本では説明しきれなかった設定や性格なども記載しています。 ※宇宙空間では時間（朝・夕など）の設定を入れていません。 ※脚本の書き方から外れていると思いますが、読みやすさを考慮して不必要に改行（空白）を入れている部分があります。