アポロンという五感やIQを始め様々な力が発現し向上するウイルスが蔓延するこの日本社会。僕空条凌空はアポロン非感染者として生まれた。 　凌空は高校に入学して半年経った秋。友達の月見里美穂に連れられるがままにとある空き教室に連れられると、そこには幼馴染の橘壮介と一人の女子生徒。藍沢咲希が居た。そして、咲希は三人にとある悩みを打ち明け……。