西暦2314年、リボンズ・アルマーク率いるイノベイドたちとの戦闘から2年。恒久的平和をめざす世界に、新たな危機が訪れる。130年前に廃船となった木星探査船エウロパの地球圏飛来が、未知なる敵・ELSとの戦いの前兆になろうとは……。人類の存亡を懸けた最終決戦に際し、イノベイターへと進化した刹那は、新たなガンダム・ダブルオークアンタを駆り、ELSとの接触を試みるが──。