1999年地球に戻ってきた惑星探査艇の三人の乗組員は地球の異常に気づく。帰るべき日本がない。そればかりではなく、大陸がなく海ばかり続いていた。着水に失敗し、一人きりになった少年はどこかの島にたどりつく。そこで彼は年老いたチャー博士と出会い、ムー大陸のように地核の大変動で大陸が消えてしまったことを知らされる。ムー大陸沈没と、人類の発祥地を究明する物語!!