合法・違法を問わず仕事を請け負う何でも屋『アップル・ベアリーズ』。 十三歳の少女、一夜は相棒の久羽、そして白くまのぬいぐるみ、ベアリーと共に裏社会で生きている。ある夜、製薬会社から研究データを盗み出す依頼を受けた一夜達。 しかしその翌日、会社の警備員が大量に死傷する事件が発生し、『アップル・ベアリーズ』は大量殺戮を行ったテロリストとして追われる立場になってしまう。