2048年──脳インプラントが、今日のスマートフォンと同じくらい普及している世界。 18歳の化神《カガミ》ケシは、4年前に跡形もなく消えた幼なじみのルナを東京で探し続けている。彼女が今もニューロネットのどこかにいると信じて。 その過程で、ケシは非公認の対テロ・諜報部隊であるプロジェクト・アイオンに巻き込まれる。このプロジェクトの特殊工作員「アイオン」は、自らの意識を標的の身体に送り込むことができた。 ある日、エミという若いアイオンの意識が間違ってケシの体に送り込まれ、ふたりの魂が融合する。それがきっかけとなり、時空、現実、夢を巡る彼らの旅が始まる。