魔力値わずか「12」の少年アルスは、精密な原子操作を可能にする独自の錬金術を武器に、名門魔導学園へ入学する。そこで出会ったのは、圧倒的な魔力を制御できず「破壊の姫君」と恐れられる公爵令嬢エリナ。 アルスは彼女の「専属整備士」となり、彼女の魔力に耐えうる「銀の武具」を錬成。二人は周囲の蔑みを実力で跳ね除け、学園内の評価を覆していく。