攻略するには核攻撃しかないと考えられていた中東の地下基地が、一機の米軍機の捨て身の速攻によって落城した。 　成功するはずのない「ミッション・インポッシブル」に志願した天才パイロットの胸に秘めた想い、世界最高峰の人工知能プライムの隠された意図、そして作戦を強行した黒幕の狡猾な策略が絡み合い、千年の時を経て人類の進化を巡る駆け引きが幕を開ける。 ブラックスワンふたたび。