1945年から3年もの歳月がたち、時は平和に過ぎていった・・・しかし、ある日連合軍総司令部のレーダーにネウロラしき反応が、そこで、また再結成されたのがあの伝説の第５０１戦闘航空団『ストライクウィッチーズ』だった・・・ なぜ今になってネウロイが現れたのか、不満げに傾く隊長、しかし、そこにいたのは見たこともないような形の飛行物体だった・・・ついに、あのエースたちが、スト魔女と、コラボする！！（アニメ等のキャラ、少し登場。） はたしてどうなる！！