人類の半分以上を消し去った "セコンドインパクト"。 これに危機を感じた世界は特務機関"ヌルポ"を設立。 そして襲い来る謎の敵、"使徒"。 これに対抗すべくヌルポは 対使徒決戦人造人間エブァンゲリオンを開発。 そしてここ、超時空要塞第三真東京市に 一人の少年が降り立つ。 彼の名は… "DJ IKARI"…。 父の手紙により、ここへ訪れ、エブァンゲリオン粗号機のパイロットになる… なんとかチルドレンであった…。