東条館高校に通う高校生、永瀬零時。 彼には二年前以前の記憶が無かった。 彼を引き取ってくれた高校教師、原田弥人によって零時は普通の学生として学園生活を送っていた。 だが、 芽幸涙、 彼女との出逢いによって零時の日常は無残にも切り裂かれる。 電脳世界 ｻｲﾊﾞｰﾜｰﾙﾄﾞ の住人、芽幸涙とはいったい何者なのか。 二年前、彼の身に何が起きたのか。 零時の"失われた記憶"をかけた闘いが始まった。