高校生で歴史ゲーマーである井ノ上源三郎はある日の学校からの帰り道に突然、幕末の時代にタイムスリップしてしまう。 殺人現場を目撃した途端に、藩士達に見られてしまい、いきなり追われ身の立場になってしまう。 このまま殺されてしまうと意識した最中、突然、中年の浪人に手を引かれて何とか助かり難を逃れる。 そう、この男こそ天然理心流宗家当主補佐にして新選組六番隊隊長・井上源三郎その人だった。