AI神が支配し、運命さえも「祈願ポイント」で管理される未来の東京。亡き母がシステムの一部「護母神」として祀り上げられたことに疑念を抱く少女ユナは、違法AI〈コトリ〉と共にサイバー神宮の破壊を画策する。母の記憶を利用する神に対し、ユナは「娘」としての認証権限を使ってシステムの「再起動（初期化）」を強行。偽りの神々を消し去り、人類に自由な意志を取り戻すまでの反逆の物語。