昭和21年3月。敗戦直後の東京に、突如として巨大な穴「奈落（ダンジョン）」が出現。浅草、新橋、上野と次々現れる穴から、青白い光と異形の怪物が這い出してくる。 上野のガード下で孤児たちのリーダーを務める竹田ケンジは、仲間であるヨシオが空腹で倒れたことをきっかけに、危険を承知でダンジョン潜入を決意。元看護婦の娘美智子（ミッちゃん）、闇市で稼ぐ口の達者なトミーと共に、夜の闇に紛れて穴の底へと降り立つ。