航空自衛隊小松基地のパイロット辰巳彰一尉は機密プロジェクト“ホット・スクランブル”の訓練要員。緊迫するアジア情勢―日本の空の安全を守るという危機意識から生まれたそれは未来型シミュレーターで、仮想敵国とのあらゆる状況での戦闘を模擬訓練できる。ある日辰巳は訓練中に灰色の雲に突入、その後、未知の機体との熾烈なドッグファイトに巻き込まれた。その正体は―。