イラク人考古学者ナジャフが沖縄で墜落死した。彼は三千年前の人の頭蓋骨を持っていた。警視庁公安部秋川はこの事故の捜査を命じられる。考古学者の最後の接触者、瀧上萼(たきがみ・うてな)は秋川の大学の同期だった。神話言語学者の瀧上は秋川からの情報からナジャが沖縄本島の西にある久米島に行った可能性があると告げ秋川と久米島に向かう。瀧上と秋川はそこで神話世界と古代文明の繋がりと痕跡を見つけるが……