時は江戸、蘭方医の卵・栗木菊之助と、その幼馴染でこの世ならぬ存在が見える美江は、博覧強記だが正体不明の稲毛外羅先生の下で、『大江戸妖怪事典』の完成を目指すことに。妖怪が関わる不思議な事件を、二人は霊獣「お咲」とともに解決しながら、その妖怪を“収集”していく。ところが、菊之助と美江の行く手に、いかにも怪しげな男女が現われて邪魔をしはじめる。彼らの目的は何なのか。そして、その背後にいるのは……！？