平凡な地方都市・花咲市。多くの人々が暮らすその町には、正体不明の怪物リリスが跋扈していた。 そんな怪物から人々を守るのは魔法少女と呼ばれる存在。花咲市によって魔法少女としての力を授けられ、 平穏な日常を守るため、日夜戦っている。 そんな花咲市に、母親の治療費を稼ぐために魔法少女になった少女・芦原芹那（あしはらせりな）がやってくる。多くの出会いと戦いを経るなかで、魔法少女たちは、平穏な街の陰に潜む野望に人知れず巻き込まれていく。