妖怪退治を仕事とする秘密機関・あやかし特捜隊に配属される事になった元自衛隊特殊工作員の幽鬼京介。配属初日からトラブルに巻き込まれた京介はそこで特捜隊の女性隊員・水無月魔衣と出会う。想像を絶する力を持つ妖怪たちの悪行を阻止すべく、あやかしハンターが今日も戦う!!