文明開化が悪法とされ、西洋を拒んだまま封建制が続く現代日本「皇国」。 異能を持つ武家だけが人権を握り、庶民はひれ伏す。 下級町人の少年・榊迅は、異能適性を理由に唯一の上昇ルートである皇国異能士官学校へ入学するが、そこで目にしたのは、身分と異能でクラス分けされた理不尽な学園と、異界からの“何か”の囁きだった。 迅はやがて、仲間たちと共に封建国家そのものへ叛逆する道を選ぶ。