舞台はケガレによる案件を行政が対応する平行世界の日本。 　神山明美は退穢省 京都退穢局員養成校に編入した下級祓穢官の中学二年生。 　口数が少なく、過去に親友を失った負い目から他者との関わりには消極的な彼女は勉学と訓練に勤しむ毎日を送っていた。 　しかし、そんな最中に開始された二人一組での擬似隠世合同訓練。 　知識も技術も一人前である明美には、たった一つの問題点があった。訓練で組むような仲のクラスメイトが居ないことである。 　途方に暮れる明美は、自分と同じく余り者であった少女。遺物神秘鑑識官候補生の岩津梓と組む事となる。 　擬似隠世合同訓練では、多くの同級生が脱落していく中で、共に困難を乗り越え、明美と梓は仲を深めながら、先へと進んでいく。 　そして、岩津梓の口より語られた過去のある事実が明美の運命を大きく動かすこととなる。