あの奇妙な夏、未来に見放されたぼくらの町・辺里で、幼なじみの悠有はたった三秒だけ未来へ跳んだ。〈お山〉のお嬢様学校に幽閉された饗子の号令一下、コージンと涼とぼく、そして悠有の高校生五人組は、〈時空間跳躍少女開発プロジェクト〉を開始した。それが、悠有と過ごす最後の夏になるとも知らずに──。