百五十年に一度現れる「宝珠」の力を得た男子高校生、瑞貴。国の外部機関である民俗保全協会と協力して、現代社会でしたたかに生きる妖怪たちとの共生を図るべく、今日も奔走する。『宵のハコブネ』から少し大人になった瑞貴は、また新たな扉を開ける。