漆黒のロングヘアに青く輝く瞳。黒いボディスーツに身を包み、原子崩壊銃『アトロポス』を携えた美少女・アミカナは、遥か未来の『ラキシス機関』から派遣された歴史改変阻止者だという。大学生・志音（しおん）は、彼女と共に、謎の巨大な球体が引き起こそうとする歴史改変を阻止できるのか。