大陸で最大の外殻都市——通称「殻都(シェロム)」——新北京市に住む少年九頭竜彌果(くずりゅうみか)」。 双子の妹・瑠果(るか)を愛し、親の愛情に飢える彼の元に父親が来た。 父は彼を新東京市——通称「巨都(メガロ)」——に連れてゆき、そこで新しい母親となるイユイと引き合わせる。 イユイに愛する妹・瑠果と共通するものを感じ取った彌果は、すぐに彼女を気に入り、新しい生活を受け入れようとするのだが……