先の大戦から４００年あまり。細菌兵器により哺乳類と鳥類はほぼ全滅し、ワクチンが適用された人類のごく一部が、虫の支配する世界で細々と生き残っていた。故郷を失ったユリをシティに送り届けるため、ヒサシはユリの二人で旅に出る。