警視庁超常事件課。それは、歴史の影で常に暗躍している特殊能力者が引き起こす事件を解決するために創設された一課である。今回彼らが追うのは、過去に遡り女子供をさらい、未来へと連れてくる謎の犯罪者『神隠し屋』。果たして超常事件課は、神隠し屋を捕まえる事ができるのか？ そして神隠し屋の目的とは？