ある日、主人公のグラディウスがおつかいから帰ると賢者である師匠が亡くなっていた。 師匠が亡くなった原因を知るために、今まで住んでいた国を出て様々な場所へ行き、師匠、そして自分自身や世界のことをグラディウスは知ることになる。 この旅路でグラディウスは何を得て、どう成長していくのか。