怪力を持ち空を飛べる「飛天」と呼ばれる生き物であるエミは、人間として学校に通い友人もいる中学生。彼女がこの世で退治されることなく生きるため、幼いとき契約を結んだ同い年の少年・鉄哉とは兄妹同然に暮らしてきた。 しかし異能の持ち主である鉄哉がかつてした「エミは十七歳でこの世から消える」という予言、そして人間ではないことへのエミ自身の諦めと苛立ち、異世界からエミのもとに通ってくる謎の男『改源』の存在などから、二人の仲は次第にうまくいかなくなっていく。 やがて二人は成長して十七歳になり、エミは「その日」を迎えるのだが――。