ある日、世界は一瞬で崩壊した。たった一人の暴走した“フォウ”によって。 　赤く染まる空、吹き荒れる爆風、炎に包まれる街。 　家族を失った少年、肇は全てを奪ったそのフォウに対して静かに復習を誓う。 　数年後、肇はフォウと呼ばれる異能の少女たちを統率する機関〈エイジス〉に所属する。 　そんな肇にパートナーである銀髪の少女、アリスと共に、指揮官としての初任務が彼を待っていた。