秋葉原がアキバへと萌え始めたミレニアムの頃を描くスピンアウトシリーズです。謎の渦巻きヒエログリフの描かれた石の正体は時空断層＂リアルの裂け目＂を呼び込む＂時空ビーコン＂だった。2つ揃えば時空の扉が開く。1つは主人公らに。もう1つは秋葉原の地下で超能力に＂覚醒＂したスーパーヒロインを狩る謎組織＂南秋葉原条約機構＂の手に。その情報を告げた元エージェントは、主人公らとすれ違って謎組織に拉致されてしまうのでした。