ある夏の日、伊賀野藤丸が副担任をするクラスに甲賀忍者の咲耶が転校してきた。咲耶は女子高校を中退し、小学生として学び直すという。授業中も騒動ばかり起こして副担任の藤丸を困らせていた。そしてついに『クリプト絵巻』の謎を解くカギが見つかった。人類を破滅に導く『クリプト絵巻』の謎とは、いったいなんなのか？ 令和６年６月６日、人類滅亡までのカウントダウンが始まった。