明治二十七年、帝都に現れた大妖怪「禍津」は、異能者と軍隊の決死の戦いにより、辛うじて地下深くに封印された。その戦いで両親を失った少年、鳴神 朔は、十年後、次代の異能者を育成する「帝国異能学園」に入学する。これは、両親の死の真実を追い求め、やがて来る禍津の再来に立ち向かう少年の、成長と戦いの物語である。