２０９３年９月４日 日本宇宙開発機構の打ち上げた小惑星探査機「はやぶさ５」は太陽系外で突如消息を絶った。 原因不明のこの『事故』のニュースは当時の日本を騒がせたものの、数か月後には情報の洪水に押し流され人々の話題にも上らなくなった。それが破滅の序曲とは誰も予想できる者は誰もいなかったのだ。 ２０９９年突如宇宙からやって来た機械帝国ヘーレムに人類の半数は奴隷として連れ去られ、地球は爆破される。地球の核の中に眠っていた人型起動兵器カデシュを回収する為に ヘーレムの襲撃を生き延びた主人公北条翔はヘーレムに対抗する人類同盟や友人たちと共に連れ去られた家族や友人を救うべく広大な宇宙へと旅立つ。