世界的に類を見ないAI「Libria」によって管理されたハイテク巨大図書館、アークライブラリ。最初は小さなトラブルに過ぎなかったシステムの誤作動が、やがて死者を生む。死んだのは、Libriaを開発したシステムエンジニアの桐生智也。さらに館内に閉じ込められた人々も次々と命を落とす。閉ざされた図書館で、何が起こっているのか――。新米司書、朝倉由紀と警備員の黒崎陽（あきら）が、巨大迷宮と化した館の謎に挑む。