西暦2139年、人類は「大ギルディアナ帝国」の圧倒的な力に敗れ、国連海軍育成学校の生徒・東郷せつなと小烏椿も空襲に巻き込まれる。連合艦隊の司令長官・花森明と副官・村田理恵。優秀な操縦技術を持つ二人は、新型アーマード・ヴァルキリーのパイロットにスカウトされる。 　しかし、ヴァルキリーで初出撃した際に目にした、焼死する敵パイロットの姿に、せつなは深い恐怖を感じる。さらに、ヴァルキリー開発に両親が関わっていたことを知り、複雑な想いを抱きながらも、.二人は無き両親の意思と恐怖に対して共に支え合い、乗り越える事を決意する 　そしてヴァルキリーでの訓練と接近する爆撃機の迎撃の日々を過ごす。しかしそれでもせつなは未だにあの事を拭い着れずに居た。そんな中、帝国軍は　オートクルス（帝国軍のロボット）を投入し、日本への侵攻を開始した。その切り札として現れたのは、せつなに瓜二つの少女・ヴェルデ・ローアグル・アウスバッハだった。ヴァルキリーで出撃したせつなと椿は、ヴェルデ率いるオートクルス部隊に練度そして数の前に敗北を喫する。 ヴェルデから告げられた事実（帝国のクローン計画兵で作られた存在）と帝国の内通者ではないかという疑いを掛けられ、そして　恐怖感が増した事、自身の無力さからヴァルキリーのパイロットとしての任を降ろされ、拘束を恐れたせつなは逃亡、椿はそんなせつなが戻って来る事を信じ訓練に打ち込み、せつなは逃亡生活を始める事になる。 　それぞれの道に分かれた後、第二次攻撃が行われ、ヴェルデ率いるオートクルス部隊がやって来た。椿も出撃する。訓練のお陰でなんとか善戦するも、それも最初だけで相手の数とヴェルデの優れた操縦技術に圧倒され苦戦を強いられてる。それを学校内のシェルターから見たせつなは、かつて悔しさと共に椿を失う恐怖からせつなは横須賀基地に走り出す。せつなは椿を助けるべく再びヴァルキリーで出撃し、二人でヴェルデ率いるオートクルス部隊を撃退し、再び共に戦う決意を新たにする。