高度なAI「アマテライ」が普及した世界。主人公綾野夏蔭は民俗学研究をしながら生活をしていた。ある日、アマテライが示したのは月島にあったという古い神社。かつて陸地ではなかったはずのそこになぜ神社があるのか。そんなふとした好奇心から物語は始まっていく。