──嘉永6年 国を閉ざし、260年余の安泰を築いた日ノ本に、黒船が来航する。 慌てふためく江戸城にて、国学者平田篤胤の遺した「とある文書」が発見される。 そこには黒船来航を予言するような文言に加え、「日本の根幹が揺らぐ時、裏の神々にも縋るべく目指すべき場所」として「逆神社」なる場所が記されていた。 そこには全ての“祀られなかった神”が辿り着くとされる。 老中首座•阿部正弘と井上清直は「逆神社」を目指し旅へ出る。 道中で神霊と“通じる”力「霊権」を得るも、奇妙な事件や政治的対立に巻き込まれていく。